１５歳の誕生日に人類の敵とされている「ダンジョンマスター」の能力のギフトを授かってしまったアルドは、周囲を説得しようと試みるもその日のうちに殺されてしまう。
　殺されたはずのアルドは全く別の場所で目を覚ます。
　ギフトの影響なのかそこはダンジョンマスターを養成するための学園であった。
　しかし、そこに暮らすのは自分とは姿かたちも大きく異なる魔物達。
　成績の評価方法が戦闘能力を重視するという学園の方針のせいで、唯一の人間であるアルドは「最弱」「無能」と罵られ、多くの嫌がらせを受けることになる。
　なんとか卒業を迎えるも、赴任先をダンジョンを敵視している組織が本拠地を構える大陸にされてしまう。生きていくことさえ困難な状況に置かれてしまったアルド。
　実家や同級生達への復讐どころの話ではなくなってしまったアルドは、ひとまず生き延びる方法を模索する。
　ダンジョンマスターであるが、人間でもあることを最大限活用することにしたアルドは行動に移す。
　ある時は冒険者として同級生のダンジョン攻略。
　またある時は、睡眠が必要無い特性を生かしての内職。
　そして、自身を縛るルールを逆手に取ることで他の誰よりも有利になることに気が付く。
　そうして協力者を徐々に増やしていくうちにいつの間にかトップ集団の仲間入りをしていたアルド。

　これは、最弱と呼ばれたダンジョンマスターが生きるためにもがくうちに、世界有数のダンジョンを作り上げていく物語である。