黒幕への復讐を果たし、行方不明になっていた己の前世の亡骸を天に還したセリアは、同じく前世の記憶を持つキャロンと今世での護衛ノアと共に、再び穏やかな生活に戻っていた。
といっても、前回の事件で出会った双子の騎士達はセリアとキャロンの事を諦めるつもりはないらしく、足繁く彼女達の元へ通っているので本当の平和とは程遠い。

そんな中、彼らは王に呼び出される。

アテナイ地方で神隠しが多発しており、その現象は人間の持つ今の知識では説明できないものなのだという。
そこで王は、３００年前の魔術師でもあるセリアとキャロンに協力の要請をしてきたのだ。

２５０年前に滅亡した自分達の祖国の跡地で起こる怪奇現象の原因究明に乗り出したセリア達は、そこで哀しい思い出たちとの再会を果たすことになるのだが―――。

そんな中、セリアとリュシアン、キャロンとジェラミーのもどかしい関係にも少しずつ変化が訪れていく。

『琥珀の女神は復讐劇の幕を上げる』の続編にあたる、シリーズ第二作。