主人公、精霊術師アイリス・アンフィールドは両親はいなくとも、優秀な契約精霊達に囲まれて不自由のない生活を送っていた。成績はポンコツと言っても差し支えなかったが、16歳になったアイリスは魔法の名門、王立魔法魔術学院に滑り込みで入学する。
アイリスが暮らす人間界は魔法と科学で満たされていたが、人間界は魔界からの脅威に晒されていた。魔界の民に対抗すべく人間界では様々な防衛組織が作られた。その代表格が伝統ある『王国騎士団』そして民間最強の治安維持組織『アイギス』である。アイリスが入学した学院は騎士団傘下のため、王都防衛の予備戦力として魔族に対抗するための教育を受け「大人の事情」に巻き込まれていく。契約精霊マリアから常々「お嬢様はやればできる子」と言われていたのでポンコツ美少女はついに本気を出し――――