劣悪な労働環境のアトリエで働いている見習い錬成師の少女ショコラ。
彼女は素材採取係としてこき使われて、錬成術の修行もまったくさせてもらえずにいた。
しかも、魔物から採れる素材が錬成術において重宝されるため、彼女は無理矢理に魔物討伐にも行かされている。
それでも五年は務めなければ自分のアトリエを開けないため、無理に働き続けていると、ある日彼女はついに過労で倒れてしまった。

「素材集めもまともにできない無能はここから出ていけ」

それが原因でブラックなアトリエから追放されて、実力不足の噂まで流れてどこのアトリエも引き取ってくれなくなってしまう。
そんな絶望的な状況に陥った時、彼女は昔に喧嘩別れをしてしまった幼馴染の青年と偶然の再会を果たす。
知らぬ間に宮廷錬成師になっていた彼は、事情を察して優しい言葉を掛けてくれた。

「じゃあ、僕のアトリエで働いてみないか？」

幼馴染のアトリエに拾われることになったショコラは、隠されていた錬成師としての才能にも気が付くことになり、やがて彼女が手掛けた傷薬や武器が王国中で話題となる。さらに幼馴染との距離も次第に近づいていき……
一方で彼女をこき使って追い出したアトリエは、その日を境に上質な素材が手に入らなくなり、粗悪な錬成物ばかりを生み出して落ちぶれていく。
※書籍化します。レーベルは『ベリーズファンタジー』様です。タイトルは『ブラック工房を解雇された錬成師、王都で楽しい錬成ライフをはじめます！』に変更予定。