王都で育ての親で師匠と慕う薬師と暮らすソフィア・ローレン（愛称：ソフィー）は薬師試験に落ちて目標だった薬師の夢を一度は諦める。だが実技試験にミスがあったことが判明し、筆記試験の成績を考慮した救済措置でソフィーは追加合格となり念願だった薬師になる。
晴れて薬師になれたソフィーだが規則で５年間は自分の薬局を持つことはできずしばらくは師匠の店で修業をつもりだった。しかし田舎の小さな村に新規出店するという師匠から『僕の店に雇われた薬師』と言う体で新規開設する薬局を任されることになる。
師匠が新たに薬局の開設を決めた場所は薬局のない小さな村。ソフィーはその村に赴き、村長の孫であるエドや薬草採集者のアリサと共に薬局経営を始める。