西暦1999年。ノストラダムスの大予言はいろんな解釈をもって的中した。
突如世界中に恐怖の大王の代わりに『門』が現れる。
現れた『門』を潜るとその内部は洞窟・森林。砂漠・平原が広がり、そして『門』の中をダンジョンと呼ぶようになる。
ダンジョン内にはモンスターが溢れ、ダンジョンを探索する者達を探索者と呼び、世界に新しい職業が生まれた。
その三十年後、探索者となる為に、探索者高等学校に入学する主人公と特殊な才能を持つ生徒達の物語。