西暦１４８４年。領主の娘アイリスは魔女として火刑に処されるも灰から甦り、法王庁の備品として他の魔女や異端者を狩るために戦わされていた。
そして第二次世界大戦から８０年後、アイリスは自分を魔女にした『はじまりの魔女モルガナ』のクローンである幼女メリッサと引き合わされる。初めは女主人でもある彼女への復讐を誓っていたアイリスだが、メリッサは未完成品、要するに『ポンコツ』認定されていた。法王庁はいまだにナチスの残党との戦いを続けていたが、それに勝利するためには、まずメリッサを完璧なモルガナの器に成長させる必要があった。秘密機関のイカれた初老の司祭枢機卿アンソニーに教育係を押し付けられ、ＡＩ搭載の白いカラスも加わって、栄養補給のキスとご褒美のキスをしないと死ぬ（本人談）メリッサに振り回される毎日が始まる。そしてそれは同時に、共に火刑に処されたはずの弟マヌエルの残存思念に導かれながら青い薔薇と呼ばれる魔女の血筋を追う旅の始まりでもあった。
ナチス側でありながらアイリスを慕うアネモネ、処刑されたはずのロマノフ家最後の皇女アナスタシア……様々な魔女を灰に戻すのがアイリスの宿命であり存在理由でもある。
遂にはバチカン最後の法王となったアンソニーの命を受け、アトランティスで作られたとされる唯一魔女を灰に戻せる大剣を背負い、中世生まれのアイリスは電脳世界からタイガの地下まで幼女を連れて駆け抜ける！

基本シリアスな百合です。
アイリスは推定年齢１７歳。
メリッサは外見上８歳か９歳くらいです。