とある高校のクラス全員が異世界の王国に転移させられてしまう。
彼らは魔法使いや剣士の素質を持っていたため、軍人の幹部候補生として王国で教育されることになった。

その中の一人、島津時介（ときすけ）は魔法も運動も苦手で、異世界でいきなり、おちこぼれになりかける。

しかし、彼が王国で使っていた赤ペンには、魔法も剣術も教えてくれる素晴らしい精霊――赤ペン精霊が宿っていた！

赤ペン精霊の指導法は神剣ゼミ。かつて、このゼミで育った生徒が神剣エクスカリバーを使えるまでに成長したからだという。
この学習により、時介の魔法の成績は大幅アップ。短期間で一気にクラス一位になる。
「これ、精霊のゼミでやったことある問題だ！」
さらに剣士のスキルも精霊の特訓によりアップ。彼は魔法と剣技の両方を兼ね備えた魔法剣士に成長する！
立派に成長した彼の周囲には自然と彼を慕う仲間や、恋に落ちる女子も現れる。彼もその力をみんなのために使う。

　神剣ゼミのおかげでクラス最強になって、学校生活も楽しくなりました！