人間嫌いの少年神子柴初春は合格が決まっていた高校の入学を取り消され、幼馴染との恋に決着をつけることのできないまま、田舎町、神庭町への移住を決意する。
その町で少年は、かつては強大な力を持っていたが天界での罪により出世の道を外れ没落した神、紫龍と、ものに宿る低級アヤカシの『声』を聞く以外に何の才能も持たず、天界の落ちこぼれとして追放された神様見習いの少女、音々と出会う。
初春は人間を嫌う独特な感性で、音々に神となるための『徳』を積ませ、神庭町での事件を次々と解決していく。
だがそうして自分の新しい生活を模索する彼の周りには、多くの恋と、神や妖怪達との交流や戦闘、故郷の幼馴染への想い――そして今も変わらぬ人間への憎悪があるのであった。