この世界には、あらゆる非常識を世界各国から収集する裏機関が存在する。
　隠蔽、確保、調査、利用。
　その四つを信念として活動を続けるその機関は、ある日。天岬幸太を買い取り、その日から彼は特異ナンバー九九九として、非日常の世界に足を踏み入れる事になった。機関の職員となった彼が担当する事になったのは、特異ナンバー〇二三としてずっと孤独を味わってきた一人の少女。またの名を『クロネコ』。
　彼は彼女と、彼女は彼と出会った事で、二人は故も分からぬ感情を育んでいく。時に別の特異と接して、時には機関の職員と接して。
「あ。取り扱い方間違えた」
　日常から忘れられた二人は、今、青春を謳歌する。