マッドサイエンティストを目指す女子高生・水沢茜は、気が付くと遙か未来にいた。月が数十倍の大きさに見え、空の半分近くを覆うほどだった。おかげで地球環境は壊滅的な被害を受け、人類は滅亡の危機に瀕している。それは〈魔女〉と呼ばれる悪の科学者集団の仕業とされ、何とか魔女を打ち倒した人々は科学を恐れることになり、優れた知識を持つ者は魔女狩りにあう始末だった。

これはマッドサイエンティストの卵として、何かをしなきゃならない！

何事も前向きなアカネは機械の修理屋を営むことにしたが、当然のごとく魔女や魔女狩りの陰謀に巻き込まれていくことになる。