自分の命と引き換えに、伊賀の里を禁呪で壊滅させた主人公

その魂は、遠く離れた異世界に存在する『賢者の塔』内に横たわる特殊な肉体に入り込み転生を果たす

その肉体とは、錬金術で生み出された偽りの生命体『ホムンクルス』に、賢者の塔の知識と技術の粋を集めて作り出した魔道具『魔導骨格』が融合した『生きた魔道具：魔造人間』

『魔造人間』として生まれ変わった主人公は、決戦兵器『魔導外骨格』を身に纏い、驚異的な戦闘能力を手に入れる

また転生前に駆使していた『気』の力と、この世界で存在を知った『魔力』を練り上げ、新たな力：『合力（ごうりょく）』を生み出すことに成功

そしてその合力を用い編み出した強力な技『魔導忍法』

強力な肉体と兵器そして技を手に入れた主人公は、転生した際に記憶継承の儀で歴代の賢者の塔の管理者達の知識と記憶の中にあった強い願いをかなえるために動き出す