〇第一部
　浪人生の黒瀬麻子【くろせまこ】は、怠惰な生活を送っていた。お気に入りのVTuber、『メイルたん』の配信を見ながらだらだら過ごしていた麻子だったが、ある日得体のしれない生物『モア』に魔法少女の役目を押し付けられ、魔王討伐を命じられてしまう。
　魔王を討伐すると何でも願いが叶うと言われてもまるでやる気のなかった麻子だが、この町にいるもうひとりの魔法少女・源芽衣【みなもとめい】が『メイルたん』の中の人だと知った麻子は、芽衣と一緒に活動するために魔法少女として特訓するようになる。
　さらには三人目の魔法少女・樋本華蓮【ひのもとかれん】も現れるが、三人とも性格に難ありのせいかなかなかうまく嚙み合わない。
　そんなとき、麻子はある疑惑を抱くようになる。実は、魔法少女たちには各々の思惑があり……

〇第二部
　魔王騒動から数か月後。樋本華蓮は、妹の樋本華奏【ひのもとかなで】と共に穏やかな日々を過ごしていた。麻子や芽衣と同様、すっかり魔法少女活動から離れていた華蓮。しかし、忽然とモアが姿を消してしまったことから事態は急変してしまう。
　どうしてモアは急にいなくなってしまったのか。そんな疑問を抱いたのも束の間、モアに続いて麻子までもが失踪し、狼狽する華蓮たち。そんなとき、華蓮たちの前に立ちはだかる新たな組織が現れて……
　各々が謀略を巡らせる中、最後の結末を読み切っていたのは？

〇第三部
　ミラージュによる騒動から数日後。最後のＳランク魔法少女である白雪羽衣【しらゆきうい】と出会った黒瀬麻子は、アストラルホールの女神に呼び出された。
　そこで女神が『不死の呪い』に侵されていることを知らされた麻子は、その呪いを解くために闇魔法を利用することを頼まれる。
　呪いを解くことによって女神が死んでしまうことを考えた麻子はその頼みを拒否しようとするが、実は女神にはある考えがあって……
　『はじまりの魔法少女』と『おわりの魔法少女』、ふたりが交差したとき生き残ったのは。

〇第四部
　女神との騒動から時が経ち、樋本華蓮は新たな生活を始めた。落ち着きを取り戻したかのように見えたが、華蓮は妙な夢を見続けるようになる。それと同時期、麻子の身体に起きた異変。華蓮は、ふたつの現象には関係があると考えて……
　おわりの魔法少女編、第四部にて完結予定。