歴史の影を暗躍する忍びという生き方に嫌気が差した少年、蘭堂宗次朗は、ブラコンを拗らせて発酵させた妹の協力を得て、青春を謳歌する為、故郷の田舎を飛び出した。
古きと新しいきが両立する三門市で、普通の高校生として転校してくるが、転入前日、宗次朗は桜吹雪が舞い散る深夜の公園で、凶悪な鬼と戦う不良美少女、桜ノ守咲耶と出会う。
者や物に憑き、人を襲うマガツモノ。そして、それを狩る祓い人と呼ばれる少女咲耶。
平凡を求めて訪れた筈の町は、怪異や魍魎にゆっくりと日常を蝕まれつつあり、戦う術を持つ宗次朗は否応なく……いや、割と乗り気で世界の闇の中に、どっぷりと肩まで突っ込む。正義感や義務感は関係無い、困っている人達を助けるなんて無茶は、平凡な高校生だから出来る事で、利益や損得が絡む忍者には不可能だから。
だが、敵はマガツモノだけでは無いらしい。
連続する猟奇的な変死事件。決して姿を掴ませない謎の存在。果ては政府所属の、暗部組織まで。三門市に潜む闇はゆっくりと、けれど確実に日常を非日常へと変えようとしている。
一筋縄ではいかない敵や、仲間達との出会い。素直になれないが、心優しい不良少女・咲耶と共に、宗次朗は磨き上げた忍びの技術を駆使して、町に潜む影と闇に挑んで行く。勿論、表向きは普通の高校生として、青春を謳歌しながら。