全世界同時に突如として現れた様々なサイズの漆黒の沼に、公立清涼高校二年の天鐘通（あまがねとおる）は四肢を拘束され沼に引きずり込まれてしまい、石材で構成されたレベル１ダンジョンにたどり着く。

　そこで通はスライム召喚技能を授かり、人語を理解する不思議なスライムを召喚し『プル』と命名。スキンシップをしてる最中に異変が起きプルが変異覚醒。
　シークレットスキル『封印されし多重核機能』の開放に成功し、沼内部で出会った仲間たちと脱出を試みるが一人の犠牲者を出してしまう。

　プルの知識で救える方法を知っていた通は五つ歳上の犠牲者、柊天音（ひいらぎあまね）に応急処置を施し、ダンジョン沼から生還。
　本件の最高権限保持者、日本トップ企業団体鳳月グループ総帥『鳳月雅人（ほうづきまさと）に目を付けられ取引契約を結ぶ。

　その後、世界に大流行する奇病『魔魂水晶化現象（ソウルクォーツ病）』を散布する病神クレハ。
　ダンジョン沼配置の張本人である滅星の統治者トリスが世界に対して演説。
　富士の樹海に交信塔、のちに「富士の魔塔」と名称される楔を打ち込んでいく。

　目まぐるしく移り変化していく世界情勢の最中、通は母親の魔魂水晶化現象（ソウルクォーツ病）からの解放、天音の蘇生、鳳月の目的の三つの願いを叶えるために陰謀渦巻くダンジョン沼に、ダイバーとして挑む。
　
　いくつものプロセスを得て判明していくトリスの目的とプルの正体、地球を舞台に交錯する数奇な運命を知った時、通が下す決断は…………

※この作品はフィクションです。登場人物、団体などは全て架空の名称です。