科学の力が、世界のかたちを少し変えた時代。
山間部に築かれた要塞都市に住む車椅子の少女、珠川 紅利（たまかわ あかり）は、下校途中に怪しげな事件に巻き込まれ誘拐されてしまう。
その時、彼女を救い出したのは転校生の少年、多々良 央介（たたら おうすけ）。
彼は“巨人”を作り出して戦うヒーローだったのだ！
央介と共に戦うのは、巨人の力を増幅制御する人造人間の佐介（さすけ）。
そして央介が作り出した圧倒的な力を持つ夢幻の巨人、ハガネ。
彼らは要塞都市の軍と協力し、襲い来る謎の犯罪組織“ギガント”との戦いに挑む！

要塞都市の少年少女はヒーローとして、世界を変える力の使い方を覚え、成長していく。