世界一の忍者になる。そう心に決めた男が居た。
　2025年。情報化の進んだ日本の社会では、諜報や防諜の必要性が声高に叫ばれた。そんな声に押され、社会情勢の変化から、新たに諜報機関が組織される。その名を日本国情報機関、通称NINJA。
　若者の早期情報教育を目的に、日本国情報機関直轄の大学と付属高校が作られ、そこでは日夜学生たちが情報工作員（エージェント）になる為の勉強を行っている。
　春。一人の男がその学校に入学してきたことで、偉大な忍者が生まれようとしていた。