いじめられっ子だった少年、灰原昇太郎。
彼はひどいいじめに苦しんでいたが、その苦しみから感情が爆発して高い橋から川へといじめっ子たちの目の前で投身自殺を行った。

死んだかと思うと目が覚めた場所は何故か戦国時代。
行き場のない昇太郎を拾ってくれたのは武家の娘の琴乃。
同じ灰原という名の姓を持つことから助けてもらえた昇太郎は衣食住を何とかしてもらえることとなる。
しかしいじめられっ子だった昇太郎には戦国時代での生活はきつく、ボロ雑巾のようになって与えられた部屋で寝込む。
その時に甲斐甲斐しく世話をしてくれた琴乃に昇太郎は生まれて初めて恋心を抱く。

ボロ雑巾のようになりながらも琴乃と過ごせる日々を満喫していた昇太郎だが、弱小国であった灰原家は常に厳しい世渡りを強いられており、隣国の大国同士の争いに巻き込まれていく。
危機的状況に陥った灰原家だが、そこにいじめられっ子だった昇太郎の成長した姿と彼が持つ知識と作戦が未来を切り開いていくことになる。