「南無さーん！　南無さーん！　南無さーん！　成仏しやがれ！」
「南無三！？　お前、その格好どう見てもキリスト教だろ！？」

　人類に仇をなす存在"怪人"が跋扈する東京――ここにはとんでもない魔法少女が居た！　破廉恥なミニスカ修道服を翻し、密教法具の独鈷杵を握りしめ、念仏を唱えながら怪人と戦う奇妙な魔法少女――その名も魔法少女セイントシスター！

　そんな彼女の正体は、魔法少女に変身する才能を持った男の子の司くん！　女の子の身体になって、ミニスカを履く羞恥に耐えながら日々戦う司くんだけども、とんでもない危機に見舞われてしまう！　変身しすぎたせいか、ある日を境に自力で男の子に戻れなくなってしまった！

　薬で無理矢理男の子に戻る生活を続けていると、そのうち身体が薬に慣れて、効きづらくなって――残酷な宣告が司くんに下る！　次に変身したら男の子に戻れない、と言われてしまう！

　このままだと司くんは、一生女の子として生きなきゃならなくなるかもしれない。しかも当の本人は、どうにも男を捨ててもいいと考えている節もあるようで、女の子化は割と現実味がある未来。本人がいいと思うなら、それでいいのだろうか――？

「ふざけるな！　いいわけあるかあ！　お願い！　男の子のままでいて！」

　そりゃそうだ！　周りの人たちが黙っちゃいない！　司くんの幼なじみの女の子、紫苑ちゃんが立ち上がる！　やだやだ！　女の子になっちゃやだ！　ずっと一緒に居た幼なじみが女の子になっちゃのは困る！

　彼を翻意させるにはもう遅い？　いや、間に合う！　間に合わせる！　不都合な未来を回避するために、紫苑ちゃんが大奔走！

　神田の街を舞台にした、ご近所スケールのローファンタジー、ここに開幕！