《人類史上最高の天才》と称される１６歳、天元院アヤカ。史上最年少でのマサチューセッツ工科大学（ＭＩＴ）名誉教授就任、ノーベル賞３部門同時ノミネートなどなどの輝かしい栄光を持つ彼女のもとに、日本の総理大臣から「少子化対策」を解決してほしいと相談が舞い込んだ。アヤカは特製の催淫剤を空中散布するなり水道に混ぜればいいと提案をするが、なぜか却下されてしまう。

　総理によれば、普通の人間は「恋愛感情」なるものを抱いた相手とでなければ子どもを作りたくないようなのだ。５歳でＭＩＴに入学し、研究畑を歩み続けてきたアヤカにとって「恋愛」などは辞書でしか知らない存在だ。アヤカは本当の「恋愛」を学ぶため、ぴったり偏差値50.0の超普通な高校、大平本高校に入学する。

　すべては「普通の高校生活」を通じて「普通の恋」を学ぶためだった……はずなのだが？