ダンジョン攻略パーティ《緑青の剣》に荷物持ちとして雇われていたエランは、ある日上層の攻略中に、本来下層にしかいないＳクラスモンスター、サイクロプスに遭遇する。勝ち目がないと判断したリーダー、ウッズは、モンスターの狙いを指定した人物に定めさせるスキル《標的誘導》をエランに掛けて、エランを最下層へ続く大穴に突き落としたのだ！
サイクロプスを撒くための囮にされたエランは、サイクロプスもろとも最下層へと落下していく。

スキル《空気障壁》を自身の周りに張ったことで運良く生き延びるも、直後に落下してきたサイクロプスと対峙し、エランは絶体絶命のピンチに！
が、たまたま近くに落ちていた宝箱を見つけ、それを開く。すると、ゲットしたのはなんと――

スキル《交換（リプレイス）》
自分の通常スキル・魔法スキルを、相手の持つスキルと交換できる。

《交換》のスキルを使い、エランは自身の弱小スキルとサイクロプスの持っていた最強スキル《衝撃拳》を交換し、難なくサイクロプスを破壊する！しかも、Ｓクラスモンスターの撃破によって、レベルが一気に上昇して……！

これは、お荷物な荷物持ちだった少年が、ダンジョンの危機をも救って英雄兼、ダンジョンの制覇者になる物語。

《最下層追放編》第1話〜35話
《最凶の天空迷宮編》第36話〜84話

※本作はカクヨム・アルファポリスでも公開しています
※アルファポリス版のタイトルは『裏切られてダンジョンの最下層に落とされた僕。偶然見つけたスキル、《スキル交換》でＳクラスモンスターの最強スキルを大量ゲット！？』となっています。