突如、世界に現れた謎の鉱石『エターナルブライト』。
超高エネルギー体を持つその鉱石は、新たなエネルギー源として注目されていたが
それは、E.B.B（エターナルブライトビースト）という凶悪な異形を生み出してしまった。
地上はE.B.Bへと浸食されて行き、人類は成す術もなくその数を減らしていった。
だが、E.B.Bに対抗すべく同じ『エターナルブライト』を利用した兵器を人類は生み出した。
対E.B.B殲滅用人型兵器は、『ホープアームズ（HA）』と呼ばれその名の通り人類の希望となるべく立ち上がった。

HAが開発されてから数十年の歳月が経ち、人類はHAによるE.B.Bの殲滅活動や
シェルターといった身を守る術を手に入れ、少しずつ元の生活を取り戻していく。
そんな中、パイロット候補生である『未乃 晶（みない あきら）』は、E.B.Bの襲撃へと巻き込まれてしまう。
クラスで落ちこぼれであった彼は、新型HA『ι(イオタ)・ブレード』に搭乗し、E.B.Bへと立ち向かうことになる。
『ι・ブレード』と晶を待ち受ける、戦いの先に待つ『真相』とは――