現代日本において、高校生にして最強の陰陽師と謳われる九頭刃アツヤは魔術大戦を終え、平和に暮らしていた。しかし、ある日自室に召喚魔術のゲートが開かれたのを発見したアツヤは、通る前にゲートが消滅したのにもかかわらず、わざわざ自分でゲートを再現し、異世界へと旅立ってしまった。
　転移先でであったのはエルフの少女、カナデ＝ペペルイ。彼女もアツヤと同じ陰陽師であり、召喚のゲートを開いた主でもあった。
　新たな世界の魔術を学ぶためにカナデの学ぶ魔術学院に押し掛けるアツヤであったが、新たに魔術を学ぶどころか元々身につけていた陰陽道が弱体化しているのに気が付いた。
　このままではゲートを開いて元いた世界に戻れない！
　アツヤは元いた世界に帰れるように、元の力を取り戻すための方法をカナデと協力して探し始めた。
　陰陽道弱体化の原因が、陰陽道の力の根源である星の運行や風水が元の世界とは違うためであると気づいたらアツヤは、異世界では弱小勢力である陰陽道の学生と、天体観測をしたり工事で地形を変更したりと様々な試みをする。その冒険の中で、魔王復活を試みる組織と対峙する事になる。
　陰陽道の復活に目処がつき、元の世界に帰る手筈が整った時、魔王が復活し襲撃が始まる。まだ本調子で戦えないアツヤを逃がすため、カナデはアツヤを強制的に日本に送り返すのだった。
　だが、日本に送り返されたアツヤはそこで力を取り戻し、配下を率いて再び異世界を訪れる。そしてカナデと協力して魔王を倒し、平和な世界を取り戻すのだった。
　魔王討伐後、異世界と行ったり来たりの生活を送るアツヤの姿があるのだった。