人類は自ら生み出した超AIクロノスによって絶滅の危機に瀕した。超大型移民戦艦ノアシリーズを建造した人類は地球を脱出し新天地を目指して外宇宙へと旅立っていった。

　ノアシリーズの11番艦であるノア11船団はクロノスの追撃を振り切り、地球に似た惑星に入植することに成功する。ネェルアースと名付けたその惑星で平和な日々を過ごしていたノア11の人々であったが、クロノスに乗っ取られたノア3船団の襲撃によって大規模な戦争へと突入する。両陣営は人型機動兵器アサルトフレーム（AF）を実戦投入しこの戦争は後に大罪戦役と呼ばれる惑星環境を悪化させるものとなる。

　それから100年後、新星歴300年。戦時中に行方不明となった兵器を回収するサルベージャーの少年カナタ・クラウディスは海底から引き上げた輸送機の中にあった一機のAFとそのコックピットの中でコールドスリープ状態であった少女フィオナ・トワイライトと運命の出逢いを果たす。

　それから間もなく襲いかかってきた他のサルベージャーと否応なく交戦状態になる中、カナタはそのAFタケミカヅチのパイロットとなってしまうのであった。
　戦いの中で真の姿である純白の装甲を現し圧倒的な戦闘力を見せるタケミカヅチ。高性能AFの異称――シャーマニックデバイスの一機であるこの機体によってカナタは星を巡る戦いに巻き込まれていく。


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