世界四ヵ所に突如として出現した“穴”は、それぞれ別の世界――異界へと繋がっていた。異界調整官となった阿佐見桜は、異界における日本の領土、蓬莱村を円滑に運用し、異界人たちとのトラブルを避けるべく奮闘を続ける。
そんな中、突然舞い込む王からの依頼。竜討伐に協力することになった桜たちは、最新兵器の助けもあって辛くも竜から街を救った。王都に凱旋した彼らを待っていたのは、黒い陰謀の影だった。（ヴェルセン王国編）
王都を襲った動乱の傷も癒えぬまま、ファシャール帝国が王国へ牙を剥こうとしていた。日本政府は、両国の調停に乗り出す。侵略計画の原因が大海蛇にあることを知った桜たちは調査に乗り出すが、大海蛇との初遭遇で護衛艦が破損、無人島に漂着してしまう。そこで桜が出会ったのは――。（ファシャール帝国編）
騒乱が収まり、日本を中心に王国と帝国が手を取り合って発展しようとした矢先、新たな侵略の予兆がもたらされる。蒸気機関を実現させたガ＝ダルガは、霧に包まれた艦隊で侵略を開始した。サクラたちはガ＝ダルガ艦隊を迎え撃つべく出撃する。（ガ＝ダルガ編）
そして、“禁断の地”へと向かったデラ・バウを追って、硬式飛行船＜モビィ・ディック＞が飛び立つ。

※「カクヨム」「マグネット」にも一部掲載しています。