大神大地は中卒のフリーター。地元では有名な不良だった。
始めたばかりのコンビニのバイトをクビになり、不仲な父親とケンカして近所の河川敷で不貞腐れていると、大嫌いな犬にすり寄られる。
犬から逃げようとしていると見たこともない巨大な虫に襲われ、命を落としかけてしまう。

襲ってきた巨大な虫をはじめとする超常、『異能』の事態に対処する国家公務員、『霊官』に命を救われた大地だが、代わりに自らも異能の存在になり、治療費として膨大な借金を背負わされる。

負債の返済のため、大地は『霊官』を目指すことになり、霊官の見習いとして異能にまつわる事件に巻き込まれていく。